При включении контроллер Мега12-NW.CPU инициализирует свою периферию, выдаёт приветствие в COM-порты и свой RTM64-адрес, производит поиск последней архивной записи R7 в пуле архивов.
Далее контроллер проверяет рабочий файл конфигурации (CRC файла, корректность размеров частей файла). После успешной проверки контроллер читает записанную в постоянной памяти сохраняемую часть ОЗУ, добавляет в цикл межмодульного обмена операции, заданные функциональными блоками межмодульного обмена и настраивает таймер для исполнения логики ядра.
Исполнение конфигурации может быть приостановлено соответствующей командой (при этом также приостанавливается межмодульный обмен, заданный конфигурацией). Возобновить исполнение конфигурации можно командой сверху. Исполнение конфигурации также возобновится при перезагрузке контроллера.